隨著大量中小冷庫的建立，冷庫所帶來的霉菌污染問題也給食品的冷庫保存帶來了較大的損失，由于冷庫庫房中潛伏著大量的真菌、細菌、酵母菌等致病菌，而冷庫冷藏的食品一般都含有一定的脂肪、蛋白質和淀粉，當食品貯藏期裸露于空間時，病菌會通過各種方式侵入食品中，導致食物品質的下降。為了解決這一問題，就需要定期使用食品保鮮消毒劑對冷庫進行殺菌消毒，以保證儲存食物的品質。
　　因為霉菌比其它任何微生物都更耐酸性、日光、紫外光以及干燥的環境，并且能夠在低溫環境中生存，導致冷庫很容易受到霉菌污染。而且霉菌喜愛在陰濕的地方生長，冷庫被霉菌污染之后，由于它能適應較低的溫度，首先會導致被儲藏的食品遭受霉菌污染，使食品品質下降；其次由于冷庫空氣不流通，霉菌孢子的密度會越來越大，冷庫中的霉敗氣味越來越濃，嚴重影響工作人員的積極性；再就是霉菌和致病菌不同，雖然它本身是無害的，也不產生毒素，但是霉菌生長以后，肉眼都可以見到，嚴重地損害了商品的外觀，造成經濟損失。因此，我們在食品的儲存過程中，一定要使用食品保鮮消毒劑，一方面是為了更好的維持食品的品質，另一方面也是為了殺滅冷庫中的霉菌，保證存儲環境。
　　冷庫中食物的保存時間雖然比較長，但是如在保質期之前沒有運出冷庫，那它也是會發生腐敗的，腐敗后會產生很重的氣味，導致整個冷庫都充滿了異味。食物腐敗也是冷庫異味的一個重大來源，但只要能及時處理掉腐敗食品，那么就能在一定程度上緩解異味濃度。除此之外，我們還可以使用食品保鮮消毒劑，在保證食物品質的同時，還可以起到消毒殺菌的作用。